Abundan en la zona superior de las lomas y montes que cierran la vertiente del valle los pastizales y matorrales atlánticos, sin que apenas exista presencia del matorral mediterráneo, a causa de la escasez de rocas calizas.

Las manchas de arbolado caducifolio autóctono, repartidas a lo largo de las vaguadas o dispersas en algunos tramos de las laderas, así como las repoblaciones de Pinus radiata, constituyen el estrato arbolado del tramo medio del Saja.

Las tierras altas forman un área biogeográfica del mayor interés natural, dada la dominancia de las formaciones forestales sobre los demás tipos de vegetación. Esta comarca del piso montano posee la mayor reserva de roble de toda la región si bien no constituye una mancha continua, como los robledales de Liébana, siendo dominante la especie Quercus petrae.

El robledal es sustituido por el hayedo al aumentar la cota altitudinal, y éste a su vez por el abedular, del que encontramos magníficos bosques en la parte más elevada del valle del Saja, ya en su límite con Campoo. Esta gradación en pisos de vegetación (piso del roble - piso del haya - piso del abedul) se observa perfectamente en algunos puntos de la reserva, que merecían ser conservados inalterados por su elevado valor didáctico y natural. Completan el paisaje vegetal del tramo alto del Saja los pastizales de diente, explotados en régimen de ganadería extensiva por los habitantes de la zona (vaca pardo-alpina y tudanca, principalmente), en aquellas zonas donde se ha talado el robledal y el hayedo, y los prados de siega en los fondos del valle y en el entorno de los asentamientos humanos.